Oczyszczanie ścieków farmaceutycznych ma szczególne znaczenie w przypadku czyszczenia instalacji i zbiorników, wody płuczącej używanej w procesach syntezy oraz wody popłuczkowej pochodzącej z oczyszczania powietrza wywiewanego. Można również oczyszczać media zawierające pozostałości hormonów, antybiotyków lub cytostatyków. Odparowanie jest wskazane, gdy bezpośrednie odprowadzanie ścieków jest niedozwolone.